Sora Harewata-ru est une jeune fille de 14 ans. Elle habite à Skyland et, un jour, elle sauve la princesse Ellee d'un méchant appelé Kabaton. Sora et Ellee se sont transportés à la ville de Sorashido, là où vit Mashiro, une fille du même âge que Sora, qui l'invite ensuite à vivre chez elle. Ensembles, elles deviendront Pretty cure et obtiendront de nouveaux pouvoirs, de nouveaux objets et, parfois de nouveaux alliés dans leurs aventures.